Artilheiro da Libertadores de 2024, quando o Botafogo foi campeão, Júnior Santos está voltando ao Glorioso, clube em que viveu sua melhor fase da carreira.

O jogador desembarcou no Rio de Janeiro para assinar com seu antigo clube, deixando o Atlético-MG com uma passagem marcada por lesões e desempenho abaixo.

Nos últimos seis meses, Júnior Santos atuou por apenas 35 minutos: 18  em jogo contra o Santos, no dia 14 de setembro de 2025, e os outros 17 no dia 27 do mesmo mês contra o Mirassol.

Sua última partida resultou na lesão que o tirou do restante da temporada.

Apesar da lesão, os jogos anteriores foram marcados por inícios no banco e atuações curtas aos finais de segundo tempo.

Júnior Santos atuou pela última vez como titular no Galo em maio de 2025 e seu último gol marcado foi no dia 12 de junho do mesmo ano.

O jogador brilhou como artilheiro da Libertadores em que o Botafogo conquistou a taça. Com atuações importantes na fase preliminar da competição, o atleta marcou na final e terminou o torneio com 10 gols. Pelo clube carioca, Júnior Santos jogou 115 jogos, marcou 28 gols e deu oito assistências.